英雄副本作为游戏中的高难度挑战，要求玩家对忍者特性、布阵策略和技能释放时机有深入理解。合理的布阵是通关基础，前排应放置防御型或血量较高的忍者吸收伤害，后排搭配高输出或控制型角色。追打连击的触发需要精确计算角色出手顺序，确保追打链不断。战斗中需根据敌方阵容调整站位，避免单一忍者承受过多伤害，同时利用地形和机关增益效果。风主刷新技能是扭转战局的关键，通常在第二回合配合高爆发奥义使用。
忍者技能组合的优先级直接影响战斗效率。控制类技能应优先针对敌方核心输出或治疗角色，打断敌方关键奥义。治疗和增益类技能需在敌方群体攻击后释放，确保团队生存。高伤害奥义建议在敌方处于破防、倒地等状态时使用，以最大化输出效果。被动技能如闪避、反击类效果需通过装备和饰品强化，提升容错率。猿飞日斩等具备召唤物的角色能通过分身分担伤害，并为团队提供额外增益。
查克拉分配需遵循控制-爆发-回复的循环逻辑，避免过度消耗导致关键回合无技能可用。通灵兽和秘卷的使用时机应配合团队状态，如面临群体控制时优先解控，血量危急时选择治疗型通灵。道具如起爆符、兵粮丸需保留至BOSS阶段，用于应对突发高额伤害。副本中掉落的临时增益道具可改变战局，需及时拾取利用。
多阶段BOSS战需记录其形态转换阈值，提前预留技能应对。面对召唤类敌人应优先清理召唤物，防止数量堆积。具备环境交互的副本需触发机关削弱敌人，如引爆场景中的炸药桶造成范围伤害。合击类副本要求队伍成员同步奥义释放，以突破敌方防御结界。长期作战需平衡输出与续航，避免因战斗拖沓导致全员状态下滑。
重点培养角色的星级和装备强化优先保证主力输出，其次补足辅助角色的生存能力。饰品套装效果需与忍者定位匹配，输出型选择暴击或攻击加成，控制型侧重效果命中。忍法帖等长期培养系统提供的被动加成对高难度副本尤为关键。组织技能中的团队增益效果可弥补阵容缺陷。
